Los orígenes de SAN MARCOS se encuentran en el siglo XII, cuando en tiempos del rey Alfonso VII, la infanta Sancha de Castilla realizó una donación destinada a la construcción de un modesto edificio a las afueras de la ciudad amurallada y a orillas del río Bernesga, en el cual pudieran “hospedarse los pobres de Cristo”, convirtiéndose así en un templo-hospital para refugio de los peregrinos que realizan el Camino de Santiago.
En el siglo XVI se derribó este edificio y se realizó una nueva obra gracias a una donación de Fernando el Católico. Los arquitectos designados para esta obra fueron: Juan de Orozco (iglesia), Martín de Villarreal (Fachada) y Juan de Badajoz el Mozo (claustro y sacristía). La construcción abarcó un gran espacio temporal siendo finalizado en la siglo XVIII.
Como ya se ha dicho, es uno de los monumentos más importantes del Renacimiento español. Su fachada es una perla del plateresco que se empezó a construir hacia el año 1515. Es de un solo lienzo con muro de dos cuerpos, rematado en crestería calada y candeleros. En el zócalo se presenta medallones con personajes greco-latinos y de la Historia de España. En el sobrezócalo se representan cabezas de ángeles.
La torre palaciega data del 1711 al 1714. Está decorada con cruz de Santiago y un León y presenta cuatro frisos con entablamento.
La portada principal tiene dos cuerpos más peineta. En el primer cuerpo hay un gran arco de medio punto con roseta e intradós decorado. La clave es de tipo exaltado representando a San Marcos. Medallones con inscripciones bíblicas; altorrelieve de Santiago triunfante en la batalla de Clavijo. Vano de estilo barroco, con Escudo de Armas de Santiago y los del Reino de León. En la peineta están representados el Escudo de armas reales y una estatua de la Fama, obra de Valladolid. Óculo en forma de rosetón.
El claustro se divide en dos tramos del siglo XVI, obra de Juan de Badajoz el Mozo, en este tramo hay un bajorrelieve obra de Juan de Juni, representando un Nacimiento. Dos tramos de los siglos XVII y XVIII. La iglesia es de estilo gótico hispano tardío, llamado “Reyes Católicos”. La portada está flanqueada por dos torres inacabadas y entre ellas una gran bóveda de crucería. Destacan dos hornacinas, una en cada torre y en una de ellas se encuentra grabada la fecha de terminación de la iglesia: 3 de junio de 1541. Están representados dos relieves: Calvario con Cruz y Descendimiento de Juan de Juni. El interior presenta una amplia y espaciosa nave, con crucero separado por rejería. En el retablo mayor son destacables: Apostolado y Anunciación (s. XVIII).
El museo está formado por tres salas, destacando dos de ellas que formaban la antigua sacristía, obra de Juan de Badajoz el Mozo.
En cuanto al coro, la parte baja es obra de Guillermo Doncel (s. XVI), resto del Coro obra de Juan de Juni.
Actualmente, este edificio tiene tres usos:
Parador Nacional con categoría 5 estrellas. Este uso se le da desde 1964. El interior del Parador de Turismo dispone de gran cantidad de muestras artísticas. Pinturas de la escuela flamenca, tallas de madera, muebles recuperados de iglesias y casonas derruidas, tapices, bargueños y obras de época y de artistas contemporáneos como Lucio Muñoz, Vela Zanetti, Redondela, Alvaro Delgado Ramos, Macarrón y Vaquero Turcios.
Iglesia consagrada desde 1541.
Museo de León desde 1869. Enseña valiosas obras como el conocido Cristo de Carrizo del siglo XI, la Cruz de Peñalba o el retablo de la iglesia de San Marcelo.